Eğer böbrekte ciddi boyutta bir tıkanıklık yoksa yani böbrek taşının boyutları böbrek fonksiyonlarını tehdit etmiyorsa hastalara ilaç tedavisi uygulanmaktadır.
10 ile 15 gün arasında takipte olan hastalarda taş oluşmuşsa, ateş oluşmuşsa, böbrek iltihabına yol açmışsa, hasta tek böbrekliyse, tedavi ertelenmeden başlanmalıdır. İlk olarak endoskopik yöntemler ile tedaviye başlamak tercihler arsında yer alır. Ve hasta uyutulduğu anda idrar kanalından girilerek lazer veya farklı bir taş kırma yolu ile taş kırılır. Eğer taşın ebatları ve boyutları endeskopik yönteme uygun değil ise açık ameliyat tercih edilir. Bazen ilaçlı böbrek filmiyle bazen de ilaçsız tomografi ile taşın konumu, boyutu ve taşın düşüp düşmeyeceği görülebilmektedir. ESWL adı verilen vücut dışından şok dalgalarla taşın kırılması ise bir diğer yöntemdir ve bu yöntemde narkoz veya anestezi uygulanmaz.
Böbrek taşı rahatsızlığı yaşayanlara bir takım alternatif tedavi yöntemleri ve bitkisel yöntemler önerilmekte, kişiler şiddetli sancılara çare olabileceğini düşünerek farklı yollara başvururlar ancak bu yöntemler mutlaka bir uzmana danışılmalıdır.